I villaggi dei ninja sono rappresentativi del potere militare del paese e servono di conseguenza anche a scoraggiare i paesi confinanti da eventuali aggressioni. I villaggi ninja, però, non sono direttamente controllati dal paese ospite, e vantano quindi un governo autonomo. Nei paesi che non subiscono molte interferenze, come il paese delle onde e altri piccoli stati insulari, ci sono casi in cui non si sente la necessità di questi villaggi ninja. Tra i vari villaggi ninja, quelli della foglia, della nebbia, della nuvola, della sabbia e della roccia fanno parte dei paesi più grandi e potenti che, tutti insieme, prendono il nome di "cinque grandi terre dei ninja". Solo in questi paesi il miglior ninja del villaggio viene nominato "Kage".

I 5 maggiori villaggi sono:

- Il villaggio della foglia

- Il villaggio della nuvola

- Il villaggio della roccia

- Il villaggio della nebbia

- Il villaggio della sabbia